Mataram Utama FC merupakan pengembangan dari klub PS Manggala SIWO PWI yang yang merupakan anggota Askot PSSI Kota Yogyakarta.

Mataram Utama FC yang berkompetisi di Liga 4, berada di bawah naungan PT Mataram Utama Manggala yang juga membawahi:

1. Manggala SIWO Mataram Utama yang berkompetisi di Askot PSSI Kota Yogyakarta.
   
   
2. Mataram Utama Football Academy

Didirikannya Mataram Utama FC berangkat dari keinginan memajukan sepakbola dengan hati berbasis pembinaan usia muda.

Mataram Utama Football Academy merupakan wadah yang terintegrasi dengan pembinaan pesepakbola usia muda di DIY dan sekitarnya.